Селекция молочных коров уже в течение многих генераций ведется по экономически важным признакам - удой, содержание жира и белка в молоке. Большинство этих показателей имеют полигенную природу и детерминируются многими генами при взаимодействии с условиями внешней среды. В основном, селекцию ведут по фенотипическим признакам и родословной. Фенотипические характеристики отражают вклад аддитивных генов и факторов среды. Таким образом, селекция направлена на отбор тех генов, которые непосредственно задействованы в формировании экономически важных признаков. С этой целью используют генетические маркерные карты и соответствующие статистические методы анализа данных.

        Особую актуальность имеет картирование локусов количественных признаков (QTL) для оценки генетических параметров (разный вклад локусов количественных признаков (QTL) у каждого индивида) и для оценки аддитивного генетического влияния. Для решения этой проблемы комплексно анализируют фенотипические данные, родословные и генетические маркеры.

        В результате интенсивных исследований возникло новое направление в племенном деле - маркер-вспомогательная селекция (MAS). Для анализа используют многочисленную выборку внучатого поколения коров, показатели их продуктивности с дополнительным изучением количества соматических клеток в молоке и длительности жизни, систему генетических маркеров. Больше всего исследований проведено по материалам нуклеарных стад голштинской породы США за 1986-1996 гг.

        В большинстве исследований анализировали 7 показателей: количество молока, количество молочного жира, количество белка, содержание жира (%), содержание белка (%) в молоке, длительность продуктивной жизни коровы, количество соматических клеток (тыс.) в 1 мл молока.

        Фенотипическое распределение показателей оценивали по отклонению продуктивности дочерей DYD) от усредненных значений фенотипов дочерей производителя с учетом систематических влияний внешней среды и значений аддитивных генов матерей дочерей. Доказано, что некоторые хромосомы имеют QTL, которые влияют больше, чем на один признак.

        Ни один QTL не был идентифицирован на экспериментальном или гипотетическом уровнях для PL, который является сложным признаком и, в основном, менее пригодным для картирования QTL, чем биологические компонентные признаки. При этом решающее значение имеет численность выборки животных.

        Таким образом: 1) гипотеза о комплексном влиянии всего генома животных на показатели продуктивности не отбрасывается, однако рядом исследователей во многих странах мира доказано размещение определенных локусов (QTL) количественных признаков на конкретных хромосомах; 2) сформированной на основе картирования локуса количественных признаков молочной продуктивности коров; 3) популяции молочного скота в разных странах подвергаются селекции, неодинаковой по интенсивности, вследствие чего соизменяются (часто негативно) и локусы; 4) использование маркерно-вспомогательной селекции 2 среди молодых производителей перед их тестированием по качеству потомства дает дополнительные выгоды (генетические и экономические) для повышения молочной продуктивности стад.